Članstvo u Rektorskoj konferenciji Bosne i Hercegovine uređeno je Statutom RKBiH. Članice Konferencije su univerziteti u Bosni i Hercegovini koji učestvuju u njenom radu u skladu sa važećim propisima i aktima Konferencije.

Stalne članice Rektorske konferencije Bosne i Hercegovine su javni univerziteti u Bosni i Hercegovini. Kao članice, univerziteti učestvuju u radu Skupštine Rektorske konferencije, u kojoj rektori univerziteta zajednički razmatraju pitanja od značaja za visoko obrazovanje i odlučuju o pravcima djelovanja Konferencije.

Pored stalnih članica, Rektorska konferencija Bosne i Hercegovine može imati i druge oblike članstva, u skladu sa Statutom i odlukama nadležnih organa Konferencije. Rad članica zasniva se na međusobnoj saradnji, uvažavanju nadležnosti univerziteta i zajedničkom djelovanju u pitanjima od interesa za sistem visokog obrazovanja u Bosni i Hercegovini.